Tožilstvo je zaradi zlorabe položaja in povzročitve velike gospodarske škode zaradi prodaje delnic Stavbenika leta 2001 za Črnigoja zahtevalo tri leta in osem mesecev zapora. Prvostopenjsko sodišče je septembra lani na ponovljenem sojenju Črnigoja oprostilo. Med drugim je novogoriško sodišče tedaj ugotovilo, da v poslih, ki jih je vzelo pod drobnogled, ni prišlo do oškodovanja Primorja ali države.
Črnigojev zagovornik Danilo Grilj je ob razglasitvi sodbe prvostopenjskega sodišča dejal, da je pričakoval takšno razsodbo in da tožilka v svoji zaključni besedi sploh ni utemeljila škode na podlagi obtožnega akta.
Črnigoj je bil obtožen zlorabe položaja pri prodaji 95.305 delnic Stavbenika, hčerinske družbe Primorja, družbi Vital, ki naj bi jih nato pod ceno prodalo Črnigoju in 28 vodilnim zaposlenim v Primorju. Tik pred zaključkom ponovljenega sojenja je tožilka spremenila obtožnico. Poleg povzročitve škode zaradi prodaje delnic Stavbenika naj bi Črnigoj na tak način po mnenju tožilstva znižal tudi vrednost premoženja Primorja.
Okrožno sodišče v Novi Gorici je Črnigoja sprva v tej zadevi že spoznalo za krivega zlorabe položaja in povzročitve velike gospodarske škode. Na sodbo pa sta se pritožila tako Črnigoj kot tudi državna tožilka, ki je menila, da je kazen premila. Koprsko višje sodišče je nato prvostopenjsko sodbo razveljavilo in jo vrnilo v ponovno sojenje.