Šainović se je haaškemu sodišču predal 2. aprila 2002. Pravnomočno je bil obsojen na 18 let zaporne kazni, medtem ko mu je prvostopenjsko sodišče izreklo 22 let.
Haaško sodišče je Šainovića obsodilo zaradi zločinov proti človečnosti in kršitve zakonov vojskovanja na Kosovu med 1. januarjem in 20. junijem 1999, navaja srbska tiskovna agencija Tanjug.
Poleg Šainovića je sodišče obsodilo tudi generale vojske in policije Dragoljuba Ojdanića, Nebojšo Pavkovića, Vladimirja Lazarovića in Sretena Lukića. Vse jih je februarja 2009 spoznalo za krive skupnega zločinskega delovanja, katerega cilj je bila leta 1999 sprememba etničnega ravnotežja na Kosovu v korist Srbije.
Mednarodno sodišče za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije v Haagu je nato leta 2014 v prizivnem postopku znižalo večino leta 2009 izrečenih kazni. Prvostopenjsko obsodbo na 22 let zapora je potrdilo le generalu Nebojši Pavkoviću, ki je bil v času konflikta na Kosovu leta 1999 poveljnik tretje armade jugoslovanske vojske.
Šainoviću, ki ga je sodišče označilo kot "glavno vez" med srbskimi silami in takratnim predsednikom ZRJ Slobodanom Miloševićem, je kazen z 22 let znižalo na 18 let zapora.
Policijskemu generalu, načelniku štaba policije na Kosovu Sretenu Lukiću je sodišče kazen znižalo z 22 na 20 let zapora, načelniku štaba prištinskega korpusa Lazareviću pa s 15 na 14 let zapora.
Vsi so bili sicer tesni sodelavci Miloševića, ki je umrl leta 2006 še pred koncem sojenja v Haagu. Tožilstvo je v prizivnem postopku za obsojene zahtevalo najvišje, dosmrtne zaporne kazni, obramba pa oprostilne sodbe ali znižanje kazni.
