Okrožno sodišče v Novi Gorici je Črnigoja decembra v zvezi z nakupom in nato prodajo delnic Stavbenika vodilnim zaposlenim v Primorju leta 2001 spoznalo za krivega zlorabe položaja in povzročitve velike gospodarske škode, v višini razlike med prodajno ceno delnic in njihovo menjalno vrednostjo, določeno v pripojitvi.
Poleg triletne zaporne kazni je prvostopenjsko sodišče nekdanjemu predsedniku uprave Primorja naložilo plačilo 25.000 evrov stranske denarne kazni ter da Primorju v stečaju povrne razliko v ceni delnic v višini 1,387 milijona evrov, obresti od te vsote od leta 2001 ter plačilo stroškov sodnega postopka.
Črnigojevi zagovorniki so očitke v pritožbi zavrnili in senatu višjega sodišča predlagali oprostilno sodbo oz. razveljavitev sodbe prvostopenjskega organa in ponovno sojenje.
Obramba je vztrajala, da o oškodovanju Primorja sploh ni mogoče govoriti. Danilo Grilj je tako opozoril, da na podlagi določil obligacijskega prava pravno priznana premoženjska škoda ni dokazana in da ni dokazov, da bi bilo tedaj delnice mogoče tretji osebi prodati po višji ceni od realizirane.
