Na spletni strani Eurojusta so o Škrlecu napisali, da je državni tožilec od leta 1999 in ima več kot 20 let delovnih izkušenj v pravosodju. Za opravljanje zahtevnejših strokovnih nalog je bil leta 2005 dodeljen na vrhovno državno tožilstvo, dve leti pozneje pa še na ministrstvo za pravosodje, so pisanje Eurojusta povzeli na spletni strani Večera.
Ves čas svoje poklicne kariere se je Škrlec ukvarjal z mednarodnim sodelovanjem. Deloval je v številnih mednarodnih projektih in sodeloval z različnimi mednarodnimi organizacijami na področju kazenskega pravosodja.
Od leta 2005 je član Odbora strokovnjakov za ocenjevanje ukrepov proti pranju denarja in financiranju terorizma pri Svetu Evrope, trenutno pa sodeluje pri delu Evropskega odbora za preprečevanje mučenja in nečloveškega ali ponižujočega ravnanja ali kaznovanja. Eurojust v biografiji med drugim omenja tudi delo Škrleca na položaju državnega sekretarja na ministrstvu za pravosodje med letoma 2008 in 2012.
Ob imenovanju je Boštjan Škrlec povedal, da naloge nacionalnega predstavnika prevzema z občutkom velike odgovornosti. "Izzivi, s katerimi se v času povečane teroristične ogroženosti, razmaha računalniškega kriminala in trgovine z ljudmi soočamo vsi, ki sodelujemo pri preiskovanju in pregonu kaznivih dejanj, so veliki," so besede Škrleca še povzeli pri Eurojustu.
Eurojust je bil ustanovljen leta 2002. Njegovo osnovno poslanstvo je spodbujati in okrepiti koordinacijo in sodelovanje med nacionalnimi organi v boju proti težjim oblikam čezmejnega kriminala, ki zadeva države članice EU.