V zaporih taborišča Guantanamo je danes še 171 ujetnikov, od česar jih je 89 nedolžnih in čakajo, da se vrnejo v svojo domovino ali tretje države, ki bi jih bile pripravljene sprejeti v primeru, če zapornikom doma grozijo hude kršitve človekovih pravic. Organizacija za varstvo človekovih pravic Human Rights Watch poroča, da je v desetih letih delovanja šlo skozi taborišče 779 ljudi. Doslej so jih 600 izpustili, osem jih je umrlo, od teh jih je šest storilo samomor.
Obama je zaprtje taborišča obljubljal že med predsedniško kampanjo leta 2008, nato pa januarja 2009 podpisal ustrezen ukaz, s katerim je obenem ustavil vse postopke pred posebnim vojaškim sodiščem, ki po trditvah kritikov niso poštena, ker so naravnana v korist tožilstva. Maja istega leta je senat prepovedal financiranje zaprtja taborišča in selitev ujetnikov v ZDA, vendar je Obama vseeno ukazal, da se začnejo priprave na selitev v zvezni zapor v Illinoisu, čeprav do tega ni nikoli prišlo.
Ko je Obama prišel na oblast, je bilo v Guantanamu še 242 ljudi, izpuščanje v domače države oziroma v države, ki so jih bile pripravljene sprejeti, pa je teklo naprej do njegovega podpisa zakona o vojaškem proračunu januarja 2011. Ta zakon je prepovedal tudi izpuščanja ujetnikov, ne le selitev na ameriška tla.
Obamova administracija se je odločila nadaljevati postopke pred posebnim vojaškim sodiščem za 32 ujetnikov iz Guantanama, doslej pa je bila obtožnica vložena le proti Rahimu al Naširiju zaradi organizacije napada na rušilec Cole leta 2000 v Jemnu. Prav tako bo "za večno" brez sojenja za zapahi ostalo 46 osumljencev, ki jih sodišče ne bo moglo obsoditi zaradi pomanjkanja dokazov ali kršitev postopka oziroma človekovih pravic.
Na Kubi je 10. januarja 2001 pristalo tovorno letalo iz Afganistana s prvimi 20 ujetniki, ki so jih namestili v lesene barake, obdane z bodečo žico kampa "Rentgen" (X-Ray), kjer so nekoč gostili begunce s Haitija. Prvi poveljnik taborišča, polkovnik Terry Carrico, je od vojaškega in političnega vrha ZDA slišal, da gre za izjemno nevarne ljudi, ki bi lahko "pregrizli" hidravliko letala, da bi ga zrušilil". Bil pa je presenečen, ko je videl suhljate, izmučene in pohlevne ljudi v verigah in pod kapucami, ki se niso niti najmanj upirali.
Carrico je za spletno izdajo revije Newsweek Daily Beast menil, da bi bilo potrebno taborišče zapreti, ker je odslužilo svojemu namenu. Ujetniki tam nikoli niso imeli kaj prida obveščevalnih podatkov, poleg tega pa ljudi ni bi smeli imeti zaprtih brez obtožnice. Upokojeni polkovnik zagotavlja, da so z ujetniki v času njegovega poveljstva ravnali v skladu s pravili.
Zlorabe naj bi se začele kasneje, po oktobru 2002, ko je nekdanji ameriški obrambni minister Donald Rumsfeld potrdil uporabo "posebnih zasliševalskih metod", ki jim v civiliziranem svetu pravijo mučenje. Ujetniki so bili deležni spolnega poniževanja, odrekli so jim spanje, jih osamili, prav tako so bili žrtve lažnih usmrtitev, groženj s psi, ekstremnih temperatur in hrupa, prisilnega zdravljenja, bila pa so tudi poročila o norčevanju iz islamske vere.
Tako imenovanega vodnega deskanja, priljubljene metode španske inkvizicije, v Guantanamu naj ne bi izvajali. So pa to metodo uporabili pri domnevno glavnem organizatorju terorističnih napadov na ZDA 11. septembra 2001 Kalidu Šejku Mohamedu, ki so ga skupaj z drugimi "teroristi visoke vrednosti" leta 2006 prepeljali v Guantanamo iz tajnih zaporov Cie. Mohamed in četverica drugih je danes še vedno pod nadzorom Cie v tako imenovanem kampu 7.
Praktičnih razlogov za ohranitev taborišča Guantanamo danes več ni. Ameriški civilni zapori danes gostijo 362 terorističnih obsojencev, doslej pa se niso uresničile črnoglede napovedi senatorjev obeh strank, da se bo s tem povečala nevarnost terorističnih napadov v ZDA. En sam ujetnik Guantanama poleg tega zvezni proračun stane skoraj 800.000 dolarjev na leto, v civilnem zaporu ZDA pa bi stroški padli na povprečno 25.000 dolarjev.