Fišer je na Pravni fakulteti Univerze v Ljubljani diplomiral leta 1971, pravosodni izpit pa je opravil leta 1973. Na isti fakulteti je leta 1990 magistriral in leta 1996 še doktoriral z disertacijo s področja kazenskega prava, je navedeno na spletni strani ustavnega sodišča.
Leta 1998 je bil na omenjeni fakulteti izvoljen za docenta s področja kazenskega prava. Od študijskega leta 1998/99 predava predmet Kazensko procesno pravo. Od leta 1971 do 1998 je bil vseskozi zaposlen v javnem oziroma državnem tožilstvu, najprej kot pomočnik javnega tožilca na prvi stopnji, nato kot predstojnik prvostopnega tožilstva, od leta 1995 do 1998 pa kot vrhovni državni tožilec pri Državnem tožilstvu RS.
Ukvarjal se je predvsem z vprašanji kazenskega materialnega prava, pa tudi z vprašanji s področja kazenskega procesnega prava, mladoletniškega kazenskega prava in s področja organizacije kazenskega pravosodja, še posebej javnega oziroma državnega tožilstva. Fišer je bil med drugim član delovne skupine za pripravo kazenskega zakonika, ki je bil sprejet leta 1994.
Funkcijo ustavnega sodnika je nastopil 18. decembra 1998 in jo opravljal do 27. marca 2008. Kljub temu se je že leta 1999 potegoval tudi za mesto generalnega državnega tožilca, vendar se je vlada kasneje na to funkcijo odločila predlagati vrhovno državno tožilko Zdenko Cerar.
Marca letos je vlada za generalnega državnega tožilca vendarle predlagala Zvonka Fišerja, ki se je na razpis prijavil kot edini, ki je izpolnjeval tudi pogoje za kandidaturo.
Koalicija je njegovo kandidaturo podprla. V opozicijskih vrstah in delu javnosti pa so se pojavili očitki glede Fišerjevega domnevno spornega delovanja v preteklosti, ko je zaradi postavitve križa preganjal tri ljudi. Fišer je sicer omenjeni postopek že označil kot napako in ocenil, da bi bilo bolje, da ga ne bi nikoli bilo.
Pred Fišerjem so slovensko vrhovno državno tožilstvo vodili Anton Drobnič, Zdenka Cerar in Barbara Brezigar. Prvi demokratično izvoljeni generalni državni tožilec je bil Drobnič, ki je bil imenovan 25. oktobra 1990, funkcijo pa je nastopil 3. decembra 1990. Tožilstvo je vodil osem let, do 14. novembra 1998. Cerarjeva je bila izvoljena 12. marca 1999 in je funkcijo generalne državne tožilke opravljala do 19. aprila 2004. Barbara Brezigar pa je bila za generalno državno tožilko izvoljena 20. aprila 2005, funkcijo je nastopila 4. maja 2005 in jo opravljala vse do danes.
