Parlamentarno preiskavo o štetju izbrisanih je DZ na zahtevo opozicijskih poslancev odredil maja 2009, naloga preiskovalne komisije pa je bila ugotoviti, ali obstaja politična odgovornost nosilcev javnih funkcij, ki so bili odgovorni za pripravo in izvedbo štetja izbrisanih v letih 2003 in 2009. Po mnenju predlagateljev preiskave je namreč obstajal sum, da so bili uradno objavljeni izidi prirejeni političnim potrebam nekaterih nosilcev javnih funkcij.
Po dveh letih in šestih zaslišanih pričah je komisija zaključila z delom in pripravila končno poročilo, ki ga je moral potrditi še DZ. Vendar člani komisije o ugotovitvah preiskave niso imeli enotnega mnenja,
Koalicijski člani, ki imajo v komisiji večino, so izglasovali predlog poročila, po katerem komisija ni ugotovila politične odgovornosti nosilcev javnih funkcij za prirejanje ali politično motivirano štetje izbrisanih.
Iz delno opravljenih zaslišanj prič in pridobljene dokumentacije po njihovem mnenju izhaja, da pri pridobivanju podatkov političnim funkcionarjem in uslužbencem ministrstva za notranje zadeve ni moč očitati opravljanja nevestnega dela in naklepnega prikazovanja višjega števila izbrisanih.
S tem pa se niso strinjali člani komisije iz vrst SDS, SLS in SNS, zato so k poročilu priložili ločeno mnenje. Po besedah predsednika komisije Roberta Hrovat sicer res niso ugotovili politične odgovornosti, so pa dokazali malomarnost pri delu notranjega ministrstva.
Po njihovi oceni je zaradi nestrokovnega dela MNZ v letu 2009 prišlo do neutemeljenega povečanja števila izbrisanih. MNZ namreč ni upoštevalo dejstva, da informacijski sistem ni bil usklajen s podatki na upravnih enotah o osebah, ki so se same odjavile iz registra stalnega prebivalstva. Pravo število izbrisanih oseb je tako 18.305, in ne 25.671, so prepričani.
V ločenem mnenju so opozicijski poslanci predlagali več sklepov. Tako naj bi vladi med drugim naložili revizijo vseh izdanih upravnih odločb, poročilo pa naj bi služilo tudi za naznanitev suma kaznivega dejanja opravljanja nevestnega dela notranje ministrice Katarine Kresal. A DZ o teh sklepih danes ni glasoval, pač pa je odločal le o predlogu končnega poročila.
