Obama sodišč ni uspel zapreti zaradi nasprotovanja kongresa selitvi ujetnikov iz Guantanama na ameriška tla. Poleg tega je ugotovil, da številni primeri proti osumljenim teroristom ne bi vzdržali na civilnih sodiščih, ker so ujetnike v zaporih ameriške obveščevalne agencije Cia in vojske mučili. Zato je pragmatično dovolil nadaljevanje dela vojaških sodišč, kjer bodo obsodbe lažje. S tem je zelo razočaral svoje privržence, ki so bili zelo kritični zaradi tovrstnih postopkov prejšnje administracije Georgea Busha.
Tožilci so al Naširija ponovno obtožili organizacije napada na ameriški rušilec Cole leta 2000 v Jemnu, dodali še obtožnico za organizacijo napada na francoski tanker leta 2002 v Adenskem zalivu in zahtevajo smrtno kazen. V napadu na Cole je umrlo 17 ljudi, 40 pa jih je bilo ranjenih. V napadu na francoski tanker je umrla ena oseba, v morje pa se je steklo 90.000 sodov nafte.
Al Naširija so ujeli novembra leta 2002 v Dubaju in ga nekaj časa selili po tajnih zaporih Cie v Afganistanu, na Tajskem in Poljskem, leta 2006 pa so ga preselili v Guantanamo.
