Horvat je bil namreč formalno naslednji kandidat za mesto evropskega poslanca za Zoranom Thalerjem, ki je nedavno zaradi sumov korupcije odstopil z mesta evropskega poslanca. Vendar pa je Pahor Horvata prosil, da še naprej opravlja funkcijo državnega sekretarja.
Pahor je Horvata razrešil vseh obveznosti v povezavi z izvajanjem zakona o Pomurju, saj državnega sekretarja preiskuje protikorupcijska komisija v zvezi s tem primerom. Bo pa Horvat opravljal ostale naloge s področja regionalne politike.
Thalerja bo tako na mestu evropskega poslanca nadomestila Mojca Kleva.