Hrvaško vrhovno sodišče je delno pritrdilo pritožbi tožilstva po prvostopenjski sodbi in ocenilo, da Merčep kot poveljnik posebne enote hrvaške policije, bolj znane kot "merčepovci", ni preprečil vojnih zločinov, ki so jih njegovi podrejeni zagrešili nad srbskimi civilisti.
Merčep je bil junija 2011 obtožen, da je osebno izvedel vojne zločine nad srbskimi civilisti, a so julija 2015 obtožnico spremenili v smer, da je vedel za zločine in ni ustavil podrejenih, ki so nezakonito prijeli, trpinčili in umorili več deset oseb.
Merčepova enota je bila jeseni 1991 nameščena v zahodni Slavoniji in v objektih zagrebškega velesejma. Na območju Zagreba, Kutine in Pakraca so nezakonito prijeli 52 oseb, jih 43 umorili, tri pa še pogrešajo. Šest ujetnikov je preživelo trpinčenje, nekateri so bili tudi priče na sojenju. Žrtvam so odvzeli avtomobile, denar in dragocenosti.
Vojne zločine, zaradi katerih je bil obsojen Merčep, je storilo med deset in 15 pripadnikov enote, ki je štela približno 300 policistov.
Merčep je med sojenjem zanikal odgovornost za vojne zločine in trdil, da ni bil poveljnik enote, ki so jo poimenovali po njem.
Hrvaški mediji so pred leti poročali tudi o domnevni Merčepovi vpletenosti v vojne zločine nad več desetimi srbskimi civilisti tudi v Vukovarju pred začetkom napadov JLA in srbskih enot na mesto leta 1991.
