Ob pregledu usklajenosti slovenskega pravnega reda s pravnim redom EU je Evropska komisija leta 2007 Sloveniji poslala uradna opomina zaradi neizpolnjevanja določil direktiv o pticah in o habitatih. Slovenija je očitane pomanjkljivosti in nepravilnosti odpravila s spremembo uredbe o območjih Natura 2000 v letu 2013.
Komisija je nato na bilateralnem srečanju junija lani znova preverila upoštevanje direktive o habitatih glede vzpostavljenega območja Natura 2000 v Sloveniji. Zaključki so pokazali bistven napredek, hkrati pa še nekaj pomanjkljivosti, ki jih bo država odpravila s tokratno spremembo uredbe. Spremembe sledijo strokovnemu predlogu državnega zavoda za varstvo narave.
Večina sprememb dodaja evropsko pomembne vrste in habitatne tipe v obstoječa območja Natura 2000, na novo se opredeljuje območje Natura 2000: Spodnja Sava, nekatere vrste in habitatni tipi pa so izločeni iz obstoječih območij Natura 2000.
Za te spremembe sta pripravljena tudi načrt ugotavljanja posledic vpliva območij Natura 2000 in določitve razvojnih ukrepov ter osnutek sprememb in dopolnitve programa upravljanja območij Natura 2000 za obdobje od 2015 do 2020. Javnost lahko pripombe in predloge na spremembe posreduje do četrtka, 22. oktobra.
